《条例》规定，严守生态保护红线，对纳入生态保护红线范围的湿地，实行严格管控，确保湿地生态功能不降低、面积不减少、性质不改变。
湿地实行“名录＋分级”管理成为《条例》一个亮点。《条例》规定，市、区（市）人民政府应当组织有关部门开展湿地资源调查和定期普查，建立健全湿地资源档案。湿地实行名录管理，列入名录的湿地，按照其生态区位、生态系统功能和生物多样性等重要程度，分为国家、省级、市级重要湿地和一般湿地。《条例》规定，严守生态保护红线，对纳入生态保护红线范围的湿地，实行严格管控，确保湿地生态功能不降低、面积不减少、性质不改变。湿地经依法确定为国家公园、自然保护区、海洋公园、水产种质资源保护区、海洋特别保护区的，依照有关法律、法规的规定进行保护和管理。重要湿地未建立国家公园、自然保护区、海洋公园、水产种质资源保护区、海洋特别保护区的，应当按照规定设立湿地公园、湿地保护小区。一般湿地可以申报设立湿地公园、湿地保护小区。未设立湿地公园、湿地保护小区的一般湿地，区（市）人民政府应当根据湿地实际情况，采取相应的保护和管理措施，保持湿地自然特性和生态功能。生态特征典型、自然景观独特、历史和人文价值显着，具有科普宣传教育意义，并可供开展生态旅游等活动的湿地，可以申报设立湿地公园。任何单位和个人不得擅自命名、挂牌湿地公园。
《条例》明确建立湿地保护信息发布制度。《条例》规定，对因非法占用、破坏而受损的湿地，按照谁破坏、谁修复的原则，由责任主体自行修复或者委托具备修复能力的第三方进行修复，所需费用由责任主体承担。湿地修复应当坚持自然恢复为主、与人工修复相结合的方式，对生态功能严重退化的湿地，通过封育、补水、植被恢复、污染治理、水系疏通、岸线修复等措施，逐步恢复湿地生态功能，市、区（市）林业行政主管部门应当会同有关部门，组织第三方机构开展湿地修复绩效评价。另外，林业行政主管部门应当组织有关部门建立湿地保护信息共享机制，其他有关部门应当将有关湿地的资源调查、监测等资料和有关保护、利用、修复等的相关信息，及时告知林业行政主管部门。林业行政主管部门应当组织有关部门建立湿地保护信息发布制度，按照规定将湿地资源信息、湿地监测评价信息和湿地保护、利用、修复等管理信息，以及监督检查情况等向社会公示、公开。
《条例》对在湿地保护范围内禁止从事的活动做了明确规定。开（围）垦、填埋湿地；挖砂、采石、取土、开矿、烧荒；排放湿地蓄水、截断湿地水源；倾倒、堆放有毒有害物质、固体废弃物；破坏鱼类等水生生物洄游通道和野生动物重要繁殖区、栖息地；非法猎捕、采集重点保护的野生动植物，捡拾破坏卵、蛋或者采用灭绝性方式捕捞鱼类及其他水生生物；引进外来物种；擅自放牧、捕捞、取水、排污、放生；破坏、损毁、擅自移动湿地保护、监测设施或者保护标志；其他破坏湿地及其生杰功能的活动被明确禁止。
《条例》明确，擅自命名、挂牌湿地公园的，由林业行政主管部门责令限期改正；拒不改正的，处一万元以上五万元以下罚款。破坏、损毁或者擅自移动湿地保护标志的，由林业行政主管部门责令限期恢复原状，处二千元以上一万元以下罚款；造成损失的，依法赔偿损失。